Ela ocupa um papel importante na manutenção dos recursos hídricos disponíveis dos principais estados brasileiros, abrangendo sete das nove maiores bacias hidrográficas do país. Possuindo assim, uma grande importância do ponto vista econômico, visto que 110 milhões de pessoas, ou 62% da população brasileira, vivem nessa região. O que, infelizmente, contribui, também, para que este fosse o conjunto de ecossistemas mais devastado: cerca de 93% da Mata Atlântica original não existe mais.
Explorada desde a época da colonização pela extração do Pau-Brasil e, depois pelo cultivo de monoculturas como o café e a cana-de-açúcar, a Mata Atlântica se reduz hoje, a apenas, 7% da sua cobertura original. Com isso cerca de 261 espécies de mamíferos, 1020 de pássaros, 197 espécies de répteis, 340 de anfíbios, 350 de peixes e cerca de 20 mil espécies vegetais, estão seriamente ameaçadas. Sem contar que a grande maioria dessas espécies são endêmicas, ou seja, só existem aqui.
Na tentativa de preservar o que restou dessa riqueza, foram criadas diversas Unidades de Conservação (áreas de preservação previstas em Lei), totalizando 860 unidades. A maior delas com 315 mil hectares é o Parque Estadual da Serra do Mar. Com o mesmo intuito, foi aprovada a Lei da Mata Atlântica (Lei Nº285/99) em 2006, que acaba com as controvérsias acerca de sua extensão e características principais, além de definir medidas de preservação.
Mesmo assim, a Mata Atlântica sofre a pressão do crescente aumento das cidades e da poluição que põem em risco as tentativas de preservá-la.
No último levantamento realizado pelo INPE (Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais) em parceria com a Oong SOS Mata Atlântica, que abrangeu 60% do bioma, foi constatado que, mesmo com a diminuição de 71% no ritmo de desflorestamento, as áreas degradadas somam 95.066 hectares. Destes, 73.561 estão concentrados em Santa Catarina e Paraná trazendo diversos problemas não só ao meio ambiente, mas, também ao homem. Vale lembrar que o desmatamento é uma das principais causas da desertificação (processo de transformação de terras férteis em terras inférteis) que vem afetando seriamente o sul do país.
Entretanto, apesar dos dados, a história nos mostra que é possível recuperar o que perdemos. Em 1862, ao passar uma grave crise de escassez hídrica, o Governo Imperial iniciou a recuperação da área de Mata Atlântica que havia sido degradada pelos cerca de 160 engenhos e lavouras de café que existiam na região da cidade do Rio de Janeiro. Através do replantio de árvores típicas foi recuperado o que hoje é a Floresta da Tijuca. A maior floresta urbana do mundo com 3.300 hectares.
